月	日	曜	場所	内容
９月	１日	木	日本・青森県	海自徳島教育航空群所属のＴＣ９０が千歳基地から徳島に戻る途中の青森湾上空４．６キロで、米軍機（Ｆ１６か）２機と４５０メートルニアミスした。
９月	２日	金	日本・東京	「新しい歴史教科書をつくる会」の八木秀次会長等が、来年度からの中学教科書採択結果について東京都内で記者会見した。会が主導した扶桑社歴史教科書の採択率は0.43％だった。公民教科書は0.21％。同会は歴史教科書で10％採択が目標だった。
９月	２日	金	日本・沖縄県	那覇防衛施設局は、名護市辺野古沖に昨年１１月に設置していた４基の単管足場を「台風対策のため」として撤去した。
９月	２日	金	アフガン・南部	カンダハル州の空港近くで銃撃痕のある男女２遺体が見つかった。
９月	３日	土	アフガン～日本	外務省は、アフガン南部カンダハル付近で見つかった男女2人の遺体は歯の治療跡によって、行方不明だった広島県尾道市の市立中学校の男性教員・福正純さん（４４才）と女性教員・長谷川忍さん（３０才）と確認されたと発表した。
９月	６日	火	日本・北海道	千歳基地の空自第２航空団所属Ｆ１５戦闘機２機が訓練中に接触事故。燃料タンクが支笏湖北東に落下。乗員は無事。
９月	１１日	日	日本・東京都	明治公園で「ＢＥ―ＩＮ＋ＷＯＲＬＤ　ＰＥＡＣＥ　ＮＯＷパレード」が雨の中おこなわれ、、「平和のための投票を」のスローガンを掲げて１２００人が参加した。今年で４回目。
９月	１３日	火	日本・静岡県	午後９時１０分頃、御殿場市仁杉の国道１３８号の交差点で、陸自朝霞駐屯地３０１輸送隊（埼玉県）所属の大型トレーラーが、信号待ちの陸自富士学校（静岡県）所属小型四輪に追突した。玉突き追突で、路線バスを含む計６台が事故にあった。自衛隊員やバスの乗客ら１１人が軽傷。
９月	１４日	水	国連	ジバリ・イラク外相は、国連で町村外相に、自衛隊のイラク派遣の延長を正式に申し入れた。
９月	１４日	水	国連	訪米中のパキスタン・ムシャラフ大統領と、イスラエルのシャロン首相は国連のレセプション会場で握手した。
９月	１６日	金	イラク・南部	サマワ市街でパトロール中の英兵が襲撃を受け、負傷した。
９月	１６日	金	日本・北海道	６日のＦ１５接触事故以来、中止していたＦ１５の飛行訓練を再開した。
９月	１６日	金	アメリカ・国連	国連首脳会議は３日間の日程を終え、成果文書を一部修正して採択した。
９月	１７日	土	アメリカ・国連	町村外相が、国連総会での一般演説で「分担率において、国連加盟国の地位と責任が適切に考慮されることが確保されるよう最大限の努力をおこなっていく」と述べた。町村外相は、７月にも国連本部での記者会見で、常任理事国入りが実現しない場合は「国連への拠出金を削減せよという世論が急速に広がる」と発言している。
９月	１７日	土	日本・東京	民主党代表選挙で、前原誠司・党「次の内閣」防衛庁長官（４３才）が、菅直人・元代表（５８才）を９６対９４で下し、新代表に就任した。任期は岡田氏の残りの来年９月まで。
９月	１８日	日	アフガン	総選挙投票。全土で有権者は１２００万人。
９月	１９日	月	中国・北京	難航していた第４回６カ国協議が、朝鮮半島の非核化の目標と基本的な段取りを確認した初めての共同声明を発表して閉会た。次回は１１月。
９月	１９日	月	日本・東京都	日本原水協創立５０周年レセプションが、平和と労働センター・全労連会館で開かれ、１５０人が参加した。
９月	１９日	月	インドネシア	インドネシア海軍は２１日、１９日に東部の、海軍警備艇が違法操業中の中国漁船に発砲、中国人漁船員１人が死亡、２人が負傷、と発表した。
９月	１９日	月	イラク・南部	バスラで、私服で情報収集活動をしていてイラク警察に拘束された英軍兵士２人を奪還しようと、英軍が、刑務所に戦車１０台で突入、無法に怒った市民との衝突で市民５人が死亡した。
９月	１９日	月	イラク・南部	バスラで、「ニューヨーク・タイムズ」のイラク人契約記者が武装勢力に拉致され殺害された。
９月	２０日	火	イラク	イラク駐留米軍兵士８人が死亡、開戦以来の米軍死者は１９０７人となった。
９月	２０日	火	日本・沖縄県	午前８時４４分に、空自那覇基地のＦ４戦闘機１機が計器のトラブルで米軍嘉手納基地に緊急着陸した。事故機は那覇空港滑走路の夜間改修工事で、同日から来年３月末まで嘉手納基地に移駐する途中だった。他の３機のうち残り２機は嘉手納基地に通常着陸、１機は那覇基地に戻った。
９月	２１日	水	国連	包括的核実験禁止条約（ＣＴＢＴ）の第４回発効促進会議が国連本部で始まった。２３日までの予定。
９月	２１日	水	日本・滋賀県	夕方から翌日に、高島市内で陸自７００人が迷彩服姿で３５キロの距離を武装訓練。「あいばの平和運動連絡会」など１５人が抗議行動。
９月	２１日	水	日本・神奈川県	海自潜水艦乗組員の薬物事件で、横須賀基地の潜水艦「わかしお」乗組員、成田達也海士長（２２才）が８月末に大麻取締法違反の疑いで逮捕されたことが２１日までにわかった。海自隊員の逮捕者は５人目で潜水艦は４隻目。
９月	２２日	木	日本・福岡県～沖縄県	住民４００人が訴えていた普天間基地爆音訴訟控訴審で福岡高裁（窪田正彦裁判長）は控訴を棄却、米軍基地リチャード・ルーキング前司令官の責任を不問にした。
９月	２４日	土	全世界	世界でイラク反戦行動。アメリカでは、ワシントンでホワイトハウスを包囲する、主催者発表で３０万人、ワシントンポストで１５万人のデモ。
９月	２５日	日	日本・東京	ＮＨＫ「日曜討論」で、憲法改定の手続きを定める国民投票法案について、自民・公明・民主三党の共同提案をめざすことを３党が一致した。
９月	２５日	日	日本・岐阜県	「憲法９条は変えたらあかん！岐阜県民のつどい」が岐阜市の長良川国際会議場で開かれ、県内２千人余が参加した。俳優の日色ともゑさんと、東大教授で「九条の会」事務局長の小森陽一さんが講演。
９月	２５日	日	日本・東京	山崎拓・自民党前副総裁が、フジテレビで「小泉首相は年内に靖国神社参拝を実行するるだろう。政治信条は変えないと思う」と述べた。
９月	２６日	月	日本・福岡県	在韓被爆者の故・崔李徹さん（昨年７月に７８才で死去）が国外からの申請を認めるよう求めた裁判で、福岡高裁（石井宏治裁判長）は、請求を認めた昨年９月の１審の長崎地裁判決を支持して、長崎市の控訴を棄却した。
９月	２８日	月	アメリカ・ワシントン	国防総省・国防調達委員会は垂直離着陸機ＭＶ２２オスプレイの生産を承認した。米海兵隊はヘリをすべてオスプレイ３６０機と交代、空軍は５０機、海軍は４８機調達する計画。１機７１１０万ドル（約８０億円）。
９月	２８日	水	日本・静岡県	空自百里基地警務隊は、覚醒剤取締法違反容疑で御前崎レーダー基地の三等空曹・服部弘孝容疑者（３０才）を逮捕した。
９月	２９日	木	日本・神奈川県	海自横須賀地方警務隊は、乾燥大麻と大麻樹脂を所持していた容疑で潜水艦「ゆきしお」の荘野勝弘二等海曹（３３才）を逮捕した。潜水艦員の大麻逮捕者は７人目。
９月	２９日	木	日本・広島県	国民義勇隊として動員され広島で被爆した女性たち１２人が障害年金の受給を申請したのを却下されたのは不当と訴えていた裁判で、広島地裁（能勢顕男裁判長）は、３人の却下処分を取り消し、９人は請求棄却した。
９月	２９日	木	日本・広島県	被爆者の救援や死体処理をおこなった「３号被爆」の７人（男４人、女３人）が、広島市に被爆者手帳の交付申請を却下されたのに対して、却下取り消しを求めて広島地裁に提訴した。
９月	２９日	木	日本・東京都	千葉県の宗教者等が国と小泉首相を訴えた靖国控訴審訴訟で、東京高裁（浜野裁判長）は「参拝は私的行為で違憲主張は前提を欠く」と控訴棄却。
９月	３０日	金	日本・大阪府	台湾先住民ら１８８人の靖国参拝訴訟控訴審で大阪高裁（大谷正治裁判長）は、参拝は「公的」と認定、「憲法の禁止する宗教的活動にあたる」と違憲と認定した。賠償請求は棄却した。